全轉錄組即特定細胞或組織在某一功能狀態下轉錄產物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全轉錄組測序可對同一個樣品同時進行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的單獨分析,還可進行多種 RNA聯合分析以及內源競爭性 RNA 整合分析,分子標記篩選等,探究其潛在的調控網絡機制,揭示轉錄調控問題。主要應用于免疫機制、疾病領域、發育進化、致病機理和藥物靶標等方面的研究。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     READS在已知類型基因的分布
    2.     基因表達差異分析
    3.     差異基因趨勢分析
    4.     表達差異基因GO富集分析
    5.     表達差異基因KEGG富集分析
    6.     差異表達基因蛋白互作網絡分析
    7.     外顯子表達差異分析
    8.     LncRNA與mRNA的比較分析
    9.     LncRNA表達差異分析
    10.     差異LncRNA趨勢分析
    11.     LncRNA靶基因GO富集分析
    12.     LncRNA靶基因KEGG富集分析
    13.     差異LncRNA與差異靶基因互作分析
    14.     LncRNA與miRNA互作分析
    15.     CircRNA差異表達分析
    16.     差異CricRNA趨勢分析
    17.     CircRNA來源基因分析
    18.     差異circRNA GO富集分析
    19.     差異circRNA KEGG富集分析
    20.     circRNA與miRNA互作分析
    21.     miRNA差異表達分析
    22.     差異表達miRNA趨勢分析
    23.     miRNA靶基因GO富集分析
    24.     miRNA靶基因KEGG富集分析
    25.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA聯合分析
    26.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA基因組圈圖
    27.     組間共有特有差異mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可視化
    28.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可視化平臺搭建
    29.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA共表達網絡分析
    30.     ceRNA分析

部分分析結果展示
全轉錄組聯合分析

全轉錄組聯合分析

蛋白互作
蛋白互作網絡圖

案例解析

ceRNA調控網絡解析泡桐屬植物疾病
長非編碼 RNA(LncRNA)、環狀 RNA(CircRNA)和微小 RNA(MiRNA)在生命活動的調控中起著重要的作用。然而,它們在泡桐中的作用尚不清楚。識別 LncRNAs, CircRNAs, miRNA 通過對正常和被感染的泡桐叢枝?。≒awb)的RNA 序列分析,探討了它們在泡桐病發病過程中的作用??偣茶b定出 3126 個 LncRNAs、 1634 個 CircRNAs 和 550 個miRNAs。其中 229 個 LncRNAs、 65 個 CircRNAs 和 65 個 miRNAs 有顯著差異表達。構造 ceRNA 網絡由 5 個 miRNA、4 個 CircRNA、 5 個 LncRNAs 和 15 個 mRNA 組成,它們在健康和感染的泡桐中均有不同程度的表達。本研究提供了泡桐中候選的 ceRNAs,揭示了 Pawb 的分子機制。

ceRNA

ceRNA網絡圖


參考文獻:
Fan G, Wang Z, et al. ceRNA Cross-Talk in Paulownia Witches’ Broom Disease. International Journal of Molecular Sciences, 2018.

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