染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA 相互作用的有力工具,基于Illumina Hiseq測序平臺,在全基因組范圍內研究組蛋白修飾或被轉錄因子結合的DNA區域,以高效率的測序手段得到高通量的數據結果。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理、過濾及質量評估
    2.     參考基因組注釋整理與統計
    3.     與參考基因組比對
    4.     Peak Calling
    5.     Peak相關基因GO注釋
    6.     Peak相關基因KEGG注釋
    7.     樣品間差異Peak分析
    8.     差異Peak相關基因GO富集分析
    9.     差異Peak相關基因KEGG通路富集分析
    10.     Motif分析

部分分析結果展示
Peak Calling

Peak Calling

KEGG富集分析
KEGG富集分析

案例解析

小鼠外胚層干細胞中轉錄因子的相關研究
通過高效的ChIP分析程序,研究了小鼠外胚層干細胞中五種主要的轉座因子(ZIC2、OTX2、SOX2、POU5F1和POU3F1)的染色體區域,它們有參與EpiSC維護和體細胞發展過程。

ChIP里峰的overlap統計

ChIP里峰的overlap統計


參考文獻:
Matsuda K, Mikami T, Oki S, et al. ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors in mouse epiblast stem cells that highlights a central role for ZIC2. Development, 2018.

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