真核無參轉錄組測序采用Illumina測序平臺,對真核生物特定組織或細胞在某個特定狀態下轉錄的所有RNA進行測序,拼接出最長的轉錄本為unigene,以unigene為參考序列進行后續分析,為研究無參考基因組物種的轉錄水平變化提供有力的技術手段。目前已經廣泛應用于基礎研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發等領域。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理
    2.     數據質控
    3.     高質量序列獲取
    4.     轉錄本拼裝及分析
    5.     Unigene 聚類
    6. Unigene 功能注釋
    7. Unigene GO 分類注釋
    8. Unigene eggNOG分類注釋
    9. Unigene KEGG分類注釋
    10.     Unigene 表達量計算
    11.     Unigene表達量密度分布
    12.     Unigene測序飽和度分析
    13.     Unigene覆蓋均一度分析
    14.     樣品相關性檢測
    15.     表達差異 Unigene 檢測(兩兩樣品間)
    16.     表達差異 Unigene GO富集分析
    17.     表達差異 Unigene GOSlim富集分析
    18.     表達差異 Unigene KEGG富集分析
    19.     表達差異 Unigene 聚類分析
    20.     主成分分析
    21.     cSNP 分析
    22.     InDel 分析
    23.     SSR 分析
    24.     ORF 分析
    25.     組間共有特有差異基因可視化
    26.     蛋白網絡互作分析
    27.     轉錄因子分析
    28.     共表達網絡分析
    29.     共有差異表達基因分析

部分分析結果展示
差異表達基因聚類&SNP 和 InDel 統計

差異表達基因聚類&SNP 和 InDel 統計

案例解析

無參轉錄組揭示幼體硬殼蛤色素沉著分子機制
本研究對非色素沉著、白色和紅色的硬殼蛤進行了RNA-Seq分析,以探討幼體硬殼蛤色素沉著的機制。DEGs有黑色素瘤/黑色素形成、ABC轉運體、類胡蘿卜素代謝相關途徑、卟啉和葉綠素代謝,可能參與色素的形成和調控。這些發現表明黑色素和類胡蘿卜素可能是硬蛤殼的主要色素。

NP vs OP  KEGG 富集分析

NP vs OP KEGG 富集分析


參考文獻:
Hu Z, Song H, et al. De novo assembly transcriptome analysis reveals the preliminary molecular mechanism of pigmentation in juveniles of the hard clam Mercenaria mercenaria. Genomics, 2020.

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