真核有參轉錄組測序采用Illumina測序平臺，對真核生物特定組織或細胞在某個特定狀態下轉錄的所有mRNA進行測序，與參考基因組比對，既可全面快速分析mRNA序列和豐度信息，也可對基因結構和產生的新轉錄本進行分析。目前已經廣泛應用于基礎研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發等領域。

方案設計

轉錄組實驗設計為差異基因比較，常見的類型是實驗組與對照組進行兩兩比較；若考慮時空因素，如按照不同生長發育階段或疾病發生發展整個過程進行比較，即進行多重比較分析。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理、過濾及質量評估
    2.     參考基因組注釋整理與統計
    3.     比對結果質控
    4.     基因表達量統計
    5.     測序飽和度分析
    6.     基因覆蓋均一度分析
    7.     樣品相關性檢驗
    8.     基因表達模式分布
    9.     基因表達差異分析
    10.     差異表達雙向聚類分析
    11.     PCA分析
    12.     表達差異基因GO富集分析
    13.     表達差異基因KEGG富集分析 		    14.     表達差異基因聚類分析
    15.     cSNP分析
    16.     可變剪切分析
    17.     UTR分析
    18.     新轉錄位點分析
    19.     組間共有差異基因可視化
    20.     轉錄組可視化平臺搭建
    21.     轉錄本表達差異分析
    22.     外顯子表達差異分析
    23.     蛋白網絡互作分析
    24.     基因組圈圖
    25.     共表達網絡分析

部分分析結果展示
差異基因表達火山圖&維恩圖

差異基因表達火山圖&維恩圖

案例解析

人類胚胎的遺傳組成結構
本研究通過單細胞轉錄組測序，對來自2-3日齡胚胎的卵母細胞、受精卵和單卵裂球進行檢測，分別發現有32個和129個基因在卵母細胞到四細胞過渡和四細胞到八細胞過渡過程中特異性表達，檢測出大量新基因，本研究為人類胚胎發育早期的細胞編程的研究提供參考。

真核有參轉錄組測序


參考文獻：
T?h?nen V, Katayama S, et al. Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development. Nature Communications, 2015.

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