群體進化研究是指通過全基因組重測序技術獲得某物種自然群體各亞群的基因組信息, 通過與參考基因組比對,得到大量高準確性的SNP、InDel、SV、CNV等變異信息,然后基于群體變異信息,討論群體的遺傳結構、基因交流情況、物種形成機制以及群體進化動態等生物學問題, 從而從分子層面深入研究該物種的進化歷程。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     下機數據統計
    2.     數據質控
    3.     高質量數據獲取
    4.     比對分析
    5.     測序深度及覆蓋度統計
    6.     群體SNP檢測與統計
    7.     群體SNP注釋
    8.     取樣網絡圖繪制
    9.     樣品地理距離計算
    10.     樣品間遺傳距離計算
    11.     基于SNP的系統進化樹重構
    12.     群體主成分分析
    13.     群體遺傳結構分析
    14.     群體遺傳多樣性分析
    15.     群體特異性SNP鑒定
    16.     群體分歧時間估算
    17.     連鎖不平衡分析
    18.     選擇性清除分析
    19.     基因流分析
    20.     有效種群大小估計

部分分析結果展示
群體結構分析

群體結構分析

案例解析

非洲土著牛的基因組圖譜
本研究5個土著群體的48頭非洲牛的基因組進行了測序,并與53個商業品種牛的基因組進行了比較。結果發現非洲瘤牛和桑加牛的遺傳多樣性最高。利用遺傳進化相關分析深入探究非洲牛對氣候、疾病和人工選擇的相關機制,對研究非洲大陸牛種群遺傳多樣性具有重要意義。

非洲牛的種群歷史動態和基因流分析

非洲牛的種群歷史動態和基因流分析


參考文獻:
Kim J, Hanotte O, et al. The genome landscape of indigenous African cattle. Genome Biology, 2017.

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