遺傳圖譜(Genetic map)又稱遺傳連鎖圖譜(Genetic linkage map),是分子標記在染色體上的排列順序與相對距離的線形圖?;谥販y序技術構建高密度遺傳圖譜正逐漸成為研究者青睞的技術,它的優勢在于可較快地開發大量的分子標記,可以獲得遺傳圖譜,克服了基于低通量分子標記隱密度低而不能提供準確的QTLs 數目和座位信息的缺點。

應用領域

    ?    基因組 scaffolds 的排序,改善基因組拼接質量
    ?    QTL 定位

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     下機數據統計
    2.     數據質控
    3.     高質量數據獲取
    4.     參考基因組整理
    5.     序列比對
    6.     序列比對結果概述
    7.     SNP檢測
    8.     SNP統計
    9.     9. SNP注釋
    10.     SNP分型及篩選
    11.     遺傳連鎖圖譜構建
    12.     單體型來源評估
    13.     重組熱點評估
    14.     遺傳距離與物理距離相關性分析
    15.     QTL定位

部分分析結果展示
遺傳連鎖圖譜

遺傳連鎖圖譜

案例解析

歐洲梨樹高密度分子遺傳圖譜構建和營養生長相關QTL定位
梨在發芽期遇上低溫,容易導致芽休眠,從而對梨的生產影響很大。所以研究控制梨樹遇到低溫芽休眠的基因有重要的意義。本研究通過高通量測序構建了歐洲梨的高密度分子遺傳圖譜,并成功定位了影響梨樹葉芽休眠的關鍵基因??梢詰糜诶鏄涞臉擞涊o助選擇育種。

QTL定位分析

QTL定位分析


參考文獻:
Gabay G, Dahan Y, Izhaki Y, et al. High-resolution genetic linkage map of European pear (Pyrus communis) and QTL fine-mapping of vegetative budbreak time. BMC Plant Biology. 2018.

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