長鏈非編碼 RNA(Long non-coding RNA, LncRNA)是長度大于 200 個核苷酸的非編碼 RNA(不含 rRNA)。研究表明 , LncRNA 在劑量補償效應、表觀遺傳調控、細胞周期調控和細胞分化調控等眾多生命活動中發揮重要作用,成為遺傳學研究熱點。通過 LncRNA 測序,可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關的 LncRNA 表達變化,促進其深入研究。

方案設計

LncRNA實驗設計為差異比較,常見的類型是實驗組與對照組進行兩兩比較;若考慮時空因素,如按照不同生長發育階段或疾病發生發展整個過程進行比較,即進行多重比較分析。然后對LncRNA進行靶基因預測和富集分析。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理、過濾及質量評估
    2.     參考基因組注釋信息整理
    3.     比對結果基本統計
    4.     比對區域分布統計
    5.     比對結果的可視化
    6.     基因覆蓋均一度
    7.     mRNA表達量分析
    8.     READS在已知類型基因的分布
    9.     不同表達區間基因的統計
    10.     樣本間共有特有表達基因統計
    11.     mRNA FPKM密度分布
    12.     mRNA FPKM飽和度
    13.     mRNA 樣品相關性檢驗
    14.     mRNA PCA分析
    15.     基因表達差異分析
    16.     多組差異表達分析比較
    17.     差異基因聚類分析
    18.     差異基因趨勢分析
    19.     表達差異基因GO富集分析
    20.     表達差異基因KEGG通路富集分析
    21.     差異表達基因蛋白互作網絡分析
    22.     外顯子表達差異分析
    23.     轉錄因子分析
    24.     mRNA新轉錄位點統計和注釋分析
    25.     cSNP和indel統計和注釋分析
    26.     差異可變剪切分析
    27.     UTR分析
    28.     LncRNA拼接
    29.     LncRNA編碼潛能分析
    30.     LncRNA表達量分析
    31.     LncRNA表達差異分析
    32.     LncRNA多組差異表達分析比較
    33.     差異LncRNA聚類分析
    34.     差異LncRNA趨勢分析
    35.     LncRNA靶基因預測和富集分析
    36.     差異lncRNA與差異靶基因互作分析
    37.     mRNA+lncRNA基因組圈圖
    38.     組間共有特有差異mRNA+lncRNA可視化
    39.     mRNA轉錄本表達差異分析
    40.     mRNA+lncRNA共表達網絡分析
    41.     ceRNA分析

部分分析結果展示

轉錄本特征分析&GO有向無環圖

案例解析

LncRNA-BLACAT2促進膀胱癌相關的淋巴管生成和淋巴結轉移
本研究報道的lncRNA LINC0095在LN轉移性膀胱癌中顯著上調并且與LN轉移相關,還證明了BLACAT2通過直接與WDR5結合在表觀上調控VEGF-C的表達,這些發現揭示了膀胱癌淋巴結轉移的分子機制,并表明BLACAT2可能是臨床干預LN轉移性膀胱癌的一個靶點。

BLACAT2過表達與膀胱癌淋巴結轉移及預后不良相關

BLACAT2過表達與膀胱癌淋巴結轉移及預后不良相關


參考文獻:
He W, Zhong G, et al. Long noncoding RNA BLACAT2 promotes bladder cancer–associated lymphangiogenesis and lymphatic metastasis. Journal of Clinical Investigation, 2018.

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