微生物重測序是基于高通量測序數據,與近緣參考基因組進行比對,進行變異檢測的方法。通過重測序可以獲得目標基因對于參考基因組的SNP、InDel、SV等一系列變異信息,從中嘗試對基因組之間的性狀差異進行解析,或作為標記進行大規模的進化分析。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理
    2.     質量控制
    3.     高質量數據獲取
    4.     參考基因組整理
    5.     序列比對分析
    6.     序列比對結果統計
    7.     SNP檢測及注釋
    8.     INDEL檢測及注釋
    9.     CNV分析
    10.     SV分析
    11.     非同義SNP及Indel的可視化
    12.     基于群體SNP的進化樹重構
    13.     基于群體SNP的PCA分析
    14.     基因組序列拼接
    15.     基因組拼裝效果評價
    16.     全基因序列比對
    17.     區域的功能分析
    18.     外源插入片段檢測
    19.     耐藥位點檢測

部分分析結果展示
SNP分布圖

SNP分布圖

插入位點分布圖
插入位點分布圖

案例解析

比較基因組揭示酵母進化關系
本研究對29種(新測16種)有生物及時應用背景的酵母進行了比較基因組學分析,鑒定出遺傳密碼的改變CUG-Ser——CUG-Ala,通過進化分析、比較基因組分析和酵母代謝通路分析等,研究了菌株間的進化關系,找到了內在的進化規律,為以后的生產研究提供了思路。

代謝性狀及其基因的分布

代謝性狀及其基因的分布


參考文獻:
Robert R, Harida s, et al. Comparative genomics of biotechnologically important yeasts. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016.

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