原核轉錄組測序是基于Illumina測序平臺,構建鏈特異性文庫,研究原核生物在某個時期或者在某種環境條件下轉錄出來的所有mRNA,從而找出關鍵功能基因。由于原核生物mRNA沒有polyA尾結構,需要采用去除rRNA的方法構建文庫。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理、過濾及質量評估
    2.     參考基因組注釋信息整理
    3.     比對到參考基因組及結果評估
    4.     eggNOG分類分析
    5.     基因表達量統計
    6.     表達差異基因分析
    7.     表達差異基因GO富集分析
    8.     表達差異基因KEGG富集分析
    9.     表達差異基因聚類分析
    10.     PCA分析
    11.     組間共有差異基因可視化
    12.     cSNP分析
    13.     新轉錄位點預測
    14.     操縱子預測分析
    15.     UTR分析
    16.     antisense RNA分析

部分分析結果展示
RPKM密度分布&樣品相關性檢驗

RPKM密度分布&樣品相關性檢驗

案例解析

人類腸道共生菌調節自身免疫
本研究通過轉錄組測序技術,分別在體外和小鼠模型中研究了Roseburia hominis和宿主細胞的信號轉導機制,結果表明Roseburia hominis和宿主細胞之間存在特殊的雙向基因表達模型,可用于控制和治療腸道炎癥。

接種后小鼠腸道差異基因表達情況

接種后小鼠腸道差異基因表達情況


參考文獻:
Patterson AM, Mulder IE, et al. Human Gut Symbiont Roseburia hominis Promotes and Regulates Innate Immunity. Frontiers in Immunology, 2017.

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