RNA 甲基化指發生在RNA 分子上不同位置的甲基化修飾現象,RNA甲基化免疫共沉淀 (Methylated RNA Immunoprecipitation,MeRIP)基于m6A特異性抗體識別并結合mRNA上的m6A的原理,以RNA免疫共沉淀方法富集甲基化修飾片段為基礎,并聯合高通量測序,在全轉錄組范圍內研究發生m6A甲基化修飾的RNA區域。是表觀轉錄組學研究的關鍵技術。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     測序數據質量評估
    2.     參考序列比對分析
    3.     Peak Calling
    4.     Motif分析
    5.     Peak相關基因注釋
    6.     樣品間差異Peak分析
    7.     差異Peak相關基因GO富集分析
    8.     差異Peak相關基因KEGG通路富集分析

部分分析結果展示
Peaks位點在基因組序列上的分布

Peaks位點在基因組序列上的分布

KEGG富集分析
KEGG富集分析

案例解析

RNA甲基化轉移酶METTL14影響肝癌轉移
通過在男女各20例肝癌樣本中利用q-PCR的方法檢測目前已知的RNA甲基化酶和去甲基化酶的表達,發現RNA甲基轉移酶METTL14在肝癌中顯著下調。干擾METTL14后,利用dot blot和northern blot方法,發現整體RNA甲基化水平也明顯降低。通過細胞功能學實驗發現,下調表達的METTL14能夠促進細胞凋亡、抑制細胞增殖、抑制細胞周期進程。在干擾METTL14的細胞系中,p21及其他細胞周期相關基因出現差異表達,并且這些基因包含有數據庫中的RNA甲基化位點。在尋找影響METTL14表達的因素時,IL1β能夠明顯下調METTL14的表達。結果表明METTL14在肝癌中下調表達并且可能通過RNA甲基化修飾影響細胞周期相關蛋白的表達從而抑制細胞周期進程,METTL14以及RNA甲基化修飾對于肝癌的發展具有重要的作用。

METTL14介導m6A修飾通過與DGCR8互作調控miR-126加工

METTL14介導m6A修飾通過與DGCR8互作調控miR-126加工


參考文獻:
Jin-zhao Ma,1 Fu Yang, et al. METTL14 suppresses the metastatic potential of hepatocellular carcinoma by modulating N6‐methyladenosine‐dependent primary MicroRNA processing. Hepatology, 2017.

訂購與咨詢

您可以通過以下任意方式下單或咨詢,工作時間我們保證在1小時內給您反饋:

  1. Email:將您的需求填寫完整后發送到support@synbio-tech.com
  2. 電話訂購:您可以直接撥打免費熱線4000-973-630(按1)聯系我們經驗豐富的工程師
  3. 在線咨詢:您有任何技術問題均可與我們進行網頁在線互動