scBCR/TCR-seq(single-cell B cell receptor/T cell receptor sequencing)單細胞免疫組測序技術可以一次性捕獲數萬個T細胞或B細胞,然后進行免疫譜分析。使用Feature Barcoding技術將單細胞懸液用抗體或寡肽-MHC多聚體標記,再將標記后的細胞加載到系統中并封裝到GEM形成油包水的封閉環境。每個細胞裂解后的轉錄本用細胞獨特的10X barcode標記以區分每個細胞,然后收集cDNA用于下游加工和文庫制備。最后通過5’接頭的通用引物和免疫分子恒定區的巢式引物進行V(D)J富集來實現免疫譜分析。

單細胞免疫組測序技術揭示每個單細胞的轉錄組和全長配對的T或B細胞V(D)J序列。結合Feature Barcoding序列技術還用于鑒定與每個細胞相關的特定抗原或細胞表面蛋白,從而可以更準確地表征先天和適應性免疫。

應用領域

? 腫瘤方向研究
? 移植和免疫重建研究
? 自身免疫性疾病
? 抗體開發研究
? 用藥及疫苗評估研究

服務優勢

? 細胞通量高
? 靈敏度高
? 免疫組庫結合轉錄組

技術路線
10X單細胞VDJ免疫組庫測序
樣本準備

? 細胞類型:T細胞、PBMC細胞、B細胞、腫瘤細胞
? 細胞數量:>1×105cells/sample
? 細胞濃度:5×105~1.2×106cells/ml,不含Ca2+和Mg2+
? 細胞活性:>80%
? 細胞大?。海?0 μm
? 樣品運輸:特定組織保存液4℃低溫運輸

生信分析

  1. 克隆類型在不同鏈型(TCR的ɑ/β鏈等)中占比統計
    克隆類型在不同鏈型(TCR的ɑ/β鏈等)中占比統計
  2. Clonotypes展示
    Clonotypes展示
  3. 不同克隆型頻率在細胞聚類中的分布圖
    不同克隆型頻率在細胞聚類中的分布圖

案例分析

案例一

目前原發的腫瘤上皮與內生的同源腫瘤浸潤淋巴細胞問題有待進一步研究。Kuo研究組構建了一種氣液介質培養患者來源的類器官。利用單細胞測序分析得出,顯示類器官中的淋巴細胞保留了初始的腫瘤TCR特征。使用該技術能夠在體外腫瘤微環境中進行免疫腫瘤學研究。

10X單細胞VDJ免疫組庫測序
參考文獻:
Neal,James T.,et al.Organoid modeling of the tumor immune microenvironment.Cell 175.7(2018):1972-1988.

案例二

關注癌癥的進程和免疫治療的效果可依據腫瘤微環境的分析。利用單細胞轉錄組測序對來自乳腺癌樣品,正常乳腺組織,血液和淋巴結進行測序分析。研究表明,腫瘤微環境發生了持續的表型擴張。隨后通過對單細胞轉錄組和T細胞受體利用對表型多樣性的組合進一步進行探究,從而提出T細胞的持續激活模型。

10X單細胞VDJ免疫組庫測序
參考文獻:
Azizi,Elham,et al.Single-cell map of diverse immune phenotypes in the breast tumor microenvironment.Cell 174.5(2018):1293-1308