細胞在組織樣本中的相對空間位置關系對于全面了解疾病病理學非常重要。Visium空間轉錄組測序(Spatial Transcriptomics,ST)技術不僅可以檢測到帶有空間信息的全轉錄組表達,還同時能捕獲相同組織切片中的組織學信息,通過免疫熒光進行蛋白組檢測,將基因表達譜映射回組織樣本中的原始位置。該技術可以為癌癥,神經科學,發育生物學,免疫生理學等領域的研究提供組織和基因表達情況的新視角。

應用領域

? 腫瘤方向研究
? 神經科學研究
? 發育生物學研究
? 免疫生理學

服務優勢

? 細胞通量高
? 三維分析
? 時空同步分析
? 原位分析

技術路線
10X Visium單細胞空間轉錄組測序
樣本準備

? 樣本類型:實體組織切片
? 處理方法:快速冷凍樣品,使用異戊烷冷凍,非液氮直接冷凍
? 切片厚度:10 μm
? 保存方法:-80℃保存

生信分析

  1. Cluster的空間分布圖
    10X Visium單細胞空間轉錄組測序
  2. 空間特異表達基因分析
    10X Visium單細胞空間轉錄組測序
  3. 軌跡(trajectory)、擬時序(pseudotime)分析
    10X Visium單細胞空間轉錄組測序

案例分析

案例一

采用10X Genomics Visium平臺對人背外側前額葉皮質的六層細胞進行了空間轉錄組測序。研究結果發現各層的特征基因,與之前發現的標識基因進行了對比分析。此外通過整合精神失?;蚣?,發現了與精神分裂癥和自閉癥相關基因的差異表達。該研究表明空間層面的差異表達基因的鑒定有助于臨床疾病的治療。

10X Visium單細胞空間轉錄組測序
參考文獻:
Maynard,Kristen E ,et al.“Transriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex.”BioRxiv(2020).

案例二

采用10X Genomics Visium 平臺對12名手術切除的個體肺腫瘤組織進行了空間轉錄組學(4個LUAD 樣本和 8個LUSC 樣本)研究,每個切片經過仔細檢查,并注釋切片中的不同形態區域,包括腫瘤、基質、免疫細胞等。這些注釋可作為后續無監督分析的參考,也可直接用于感興趣的區域挑選空間點。文章對每個樣本進行Visium空間轉錄組文庫構建,主要針對腫瘤區域和感興趣的重要組織區域進行空間微環境基因表達分析、細胞類型識別、細胞軌跡重建、細胞與細胞在形態學上的相互作用等分析研究。

10X Visium單細胞空間轉錄組測序
參考文獻:
Spatial transcriptome sequencing revealed spatial trajectory in the Non-Small Cell Lung Carcinoma.BioRxiv.2021