Small RNA 是一類重要的體內調節分子,長度在 18-30nt,主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病的發生等生理過程中起著重要的作用。Small RNA 測序采用 Illumina 測序平臺,研究某一物種特定組織在特定狀態下的已知 Small RNA,也可發現新的物種或組織特異Small RNA并預測其靶基因,為研究 Small RNA 的功能及此物種的基因調控機制提供了有力工具,已廣泛應用于動植物的研究和醫學領域。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據過濾
    2.     Clean reads長度分布統計
    3.     基因組比對
    4.     已知miRNA注釋
    5.     ncRNA分析
    6.     重復序列比對
    7.     內含子、外顯子比對
    8.     Small RNA分類注釋統計
    9.     已知miRNA堿基偏好性
    10.     已知miRNA堿基編輯
    11.     miRNA保守性分析
    12.     miRNA家族分析
    13.     miRNA表達量統計分析
    14.     不同表達區間的miRNA統計
    15.     樣本間共有特有表達miRNA分析
    16.     miRNA表達量密度分布
    17.     樣品相關性檢測
    18.     PCA分析
    19.     miRNA差異表達分析
    20.     多組差異表達分析比較
    21.     差異表達miRNA聚類分析
    22.     差異表達miRNA趨勢分析
    23.     新miRNA預測
    24.     新miRNA表達量統計
    25.     新miRNA差異表達分析
    26.     miRNA靶基因預測
    27.     靶基因富集分析(GO)
    28.     靶基因富集分析(KEGG)
    29.     miRNA與mRNA互作分析
    30.     組間共有特有差異基因可視化
    31.     已知piRNA注釋

部分分析結果展示
miRNA- 基因調控網絡&miRNA- 轉錄因子調控網絡

miRNA- 基因調控網絡&miRNA- 轉錄因子調控網絡

案例解析

組織中miRNA在巴雷特食管非內窺鏡診斷中的選擇與應用
本研究分析了38例Barrett’s esophagus(BE)和26例正常食管患者內鏡時采集的2組獨立食管活檢組織的miRNA的表達譜,確定了一種可以識別BE患者細胞海綿樣本的圖譜,AUC為0.93.此外mir-194通過表現遺傳在BE樣品中表達增加,推測這可能與BE的發病機制有關。

Mir192/194和miRNA啟動子區域低甲基化形成mir192-194-2共表達簇

Mir192/194和miRNA啟動子區域低甲基化形成mir192-194-2共表達簇


參考文獻:
Li X, Kleeman S, et al. Selection and Application of Tissue microRNAs for Nonendoscopic Diagnosis of Barrett’s Esophagus. Gastroenterology, 2018.

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